Tem como principais funções secretariar as reuniões da Diretoria, redigindo as atas e lendo-as nas reuniões seguintes; redigir ofícios, declarações, credenciais, portarias e correspondências; relacionar documentos recebidos e expedidos para a pauta da reunião de Diretoria; responder e agradecer telegramas e convites e organizar e arquivar documentos da ABO-Pa.

Também é papel da Secretaria atender a profissionais e acadêmicos que desejam ser sócios; confeccionar boleto para pagamento da taxa de inscrição, reintegração, licenciamento ou desligamento; e confeccionar e entregar certificados de participação nos cursos do Departamento Científico, protocolando-os no Livro de Registro de Cursos da ABO-Pa.

Todas as atividades da Secretaria são gerenciadas pela Secretária Geral CD. Alda França Costa, tendo como 1ª Secretária a CD. Raimunda Benedita Lobo Pastore e 2ª secretária a CD Cleide Picanço.